Можно ли прилететь в Египет чартером, а улететь регулярным рейсом (и наоборот)?

Правило действительно существует, но на практике его не проверяют, если аэропорт прилёта и вылета один и тот же (например, оба раза Шарм-эль-Шейх).

Национальный перевозчик (регулярный рейс) считается надёжнее — из-за задержек других бортов ('ковра') могут сдвигаться слоты, но регулярные рейсы выпускают из аэропорта в первую очередь, раньше чартеров.

Если летите регулярным рейсом при въезде — обратно нельзя улетать чартером ни при каких обстоятельствах и сроках. Тип рейса определяется по номеру рейса, а не по названию авиакомпании.